Ήταν 16 Ιανουαρίου του 1992 και το Ειδικό Δικαστήριο με ψήφους 7-6, αθωώνει τον Ανδρέα Παπανδρέου σε μια υπόθεση που από τους φίλους και υποστηριχτές του ΠαΣοΚ, χαρακτηρίστηκε ως «βρώμικο ΄89», καθώς θεώρησαν την σύγκλιση του Ειδικού Δικαστηρίου, ως «σκευωρία της Ν.Δ. και του ενιαίου Συνασπισμού».
Αντίθετα, για τους «Νεοδημοκράτες» ήταν μια προσπάθεια για την κάθαρση της πολιτικής ζωής μετά την 8ετή κυβερνητική θητεία του ΠαΣοΚ (1981 – 1989) και για να αποδοθούν ευθύνες «για τα σκάνδαλα της διακυβέρνησης του ΠαΣοΚ και ιδιαίτερα για το σκάνδαλο Κοσκωτά».
Κων/νος Μητσοτάκης, Χαρίλαος Φλωράκης και Λωνίδας Κύρκος, πετυχαίνουν το πολιτικό …αδιανόητο και ενώνουν δυνάμεις με την δημιουργία Κυβέρνησης που προκαλεί …παγκόσμια αίσθηση το …ετερόκλητο των κυβερνητικών εταίρων.
Το νέο κυβερνητικό σχήμα υπό τον Τζανή Τζανετάκη, θα ήταν βραχύβιο και θα είχε διπλό στόχο: τη δρομολόγηση των διαδικασιών της κάθαρσης και την προετοιμασία αδιάβλητων εκλογών βάσει του ισχύοντος εκλογικού νόμου.
Το εναρκτήριο λάκτισμα της λεγόμενης «κάθαρσης» δόθηκε, όταν 144 βουλευτές της Ν.Δ., κατέθεσαν πρόταση κατά του Ανδρέα Παπανδρέου και άλλων 5 υπουργών του ΠΑΣΟΚ, για παράβαση του Νόμου περί ευθύνης Υπουργών, παραβλέποντας την σύσταση του Κωνσταντίνου Καραμανλή ότι «οι πρωθυπουργοί πηγαίνουν στα σπίτια τους»…
Την πρόταση των Βουλευτών της Ν.Δ δεν υπέγραψαν, αλλά την υποστήριξαν στην Βουλή, οι Βουλευτές του «Συνασπισμού».
Η Βουλή αποφάσισε την παραπομπή του Ανδρέα Παπανδρέου στο Ειδικό Δικαστήριο για την υπόθεση των τηλεφωνικών υποκλοπών. Ο τέως πρωθυπουργός κατηγορήθηκε για το αδίκημα της ηθικής αυτουργίας κατ’ εξακολούθηση στην παγίδευση και παραβίαση των τηλεφωνημάτων και της προφορικής συνομιλίας. Μαζί του παραπέμφθηκαν ο πρώην αρχηγός της ΕΥΠ Κώστας Τσίμας και ο πρώην διοικητής του ΟΤΕ Θεοφάνης Τόμπρας.
Το «κυρίως πιάτο» των παραπομπών, ήρθε όταν η Βουλή αποφάσισε να παραπέμψει εκ νέου στο Ειδικό Δικαστήριο για το σκάνδαλο Κοσκωτά, αυτή τη φορά, τον Ανδρέα Παπανδρέου μαζί τους Υπουργούς της κυβέρνησής του Αγαμέμνονα Κουτσόγιωργα, Γεώργιο Πέτσο, Παναγιώτη Ρουμελιώτη και Δημήτρη Τσοβόλα, μία μέρα μετά την δολοφονία από τη «17Ν» του Βουλευτή της Ν.Δ. Παύλου Μπακογιάννη, με μέρος του να συνδέει την τρομοκρατική οργάνωση με το ΠαΣοΚ, προκαλώντας τις οξύτατες αντιδράσεις των στελεχών του κόμματος..
Ο Ανδρέας Παπανδρέου κατηγορήθηκε για το αδίκημα της ηθικής αυτουργίας σε απιστία και το αδίκημα της παθητικής δωροδοκίας για τη συμμετοχή του στο σκάνδαλο Κοσκωτά.
Από την ψηφοφορία απουσίασε ο ίδιος, ο Γιώργος Σουφλιάς, ο Απόστολος Ανδρεουλάκος, ο Αχμέτ Σαδίκ και ο δολοφονηθείς Παύλος Μπακογιάννης, η θέση του οποίου δεν είχε αναπληρωθεί.
Υπερασπιζόμενος τον εαυτό του στη Βουλή, ο Ανδρέας Παπανδρέου αποδέχθηκε την πολιτική του ευθύνη για το σκάνδαλο Κοσκωτά, αλλά αρνήθηκε κατηγορηματικά ότι έφερε ποινικές ευθύνες, χαρακτηρίζοντας τις παραπομπές ως πολιτική δίωξη, με στόχο την πολιτική εξόντωση του ιδίου και του ΠαΣοΚ.
Από τους λοιπούς συγκατηγορουμένους του, ο Παναγιώτης Ρουμελιώτης παραπέμφθηκε επειδή δεν έλαβε μέτρα ελέγχου της Τράπεζας Κρήτης. Τελικώς, όμως, δεν δικάστηκε, λόγω μη άρσης της ασυλίας του από το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο.
Ο Δημήτρης Τσοβόλας παραπέμφθηκε για απιστία περί την υπηρεσία, ο Αγαμέμνων Κουτσόγιωργας επειδή δεν έλαβε μέτρα ελέγχου της Τράπεζας Κρήτης, για υπόθαλψη εγκληματία, για παθητική δωροδοκία και για αποδοχή προϊόντων εγκλήματος από ιδιοτέλεια και ο Γεώργιος Πέτσος για απιστία περί την υπηρεσία και δωροληψία.
Στο Ειδικό Δικαστήριο με ,,,τηλεοπτική συνεχή μετάδοση μέσω ΕΡΤ, στον Δημήτρη Τσοβόλα επεβλήθη ποινή φυλάκισης 2,5 ετών και 3ετή στέρηση των πολιτικών του δικαιωμάτων και στον Γεώργιο Πέτσο φυλάκιση 10 μηνών και 2ετή στέρηση των πολιτικών του δικαιωμάτων για μια απλή πολεοδομική παράβαση.
Ο Ανδρέας Παπανδρέου, αρνήθηκε να συμμετάσχει στην ακροαματική διαδικασία του Ειδικού Δικαστηρίου και επίσης δεν συμμετείχε ο Παναγιώτης Ρουμελιώτης, που ήταν ευρωβουλευτής και η Ευρωβουλή δεν συναίνεσε στην άρση της ασυλίας.
Στο εδώλιο του κατηγορουμένου κάθισαν μόνο ο Αγαμέμνων Κουτσόγιωργας, ο Γεώργιος Πέτσος και ο Δημήτρης Τσοβόλας.
Η πορεία της δίκης επιφύλασσε μια απροσδόκητη εξέλιξη, καθώς τον Απρίλιο του 1991 πέθανε, έπειτα από εγκεφαλικό επεισόδιο που υπέστη μέσα στην αίθουσα του δικαστηρίου, ο Αγαμέμνων Κουτσόγιωργας, ο οποίος κατά πολλούς ήταν ο άνθρωπος – κλειδί για τη διαλεύκανση της υπόθεσης. Η δίκη έχασε το ενδιαφέρον της, αφού οι μάρτυρες που κατέθεσαν κατά του Ανδρέα Παπανδρέου θεωρήθηκαν αναξιόπιστοι από το δικαστήριο, καθώς περιέπεσαν σε αντιφάσεις και δεν προσκόμισαν κάποιο στοιχείο ικανό για την καταδίκη του.
Η δίκη στο Ειδικό Δικαστήριο λειτούργησε υπέρ του ΠαΣοΚ. Ενίσχυσε τη συνοχή του, που είχε αρχίσει να κλονίζεται και το επανέφερε θριαμβευτικά στην εξουσία τον Οκτώβριο του 1993, βοηθούσης και της κρίσης ταυτότητας του κόμματος της Νέας Δημοκρατίας με τη διαμάχη Μητσοτακικών και Καραμανλικών. Το άλλο στρατόπεδο της «κάθαρσης», αφού δεν μπόρεσε να κεφαλαιοποιήσει κέρδη από την κρίση στο ΠαΣοΚ, διαλύθηκε εις τα εξ ων συνετέθη (ΚΚΕ και ΣΥΝ).
Στις 15 Μαϊου 1992 με απόφαση της Βουλής ανεστάλη η δίωξη κατά του Ανδρέα Παπανδρέου για την υπόθεση των τηλεφωνικών υποκλοπών.
Η αυλαία έπεσε και τυπικά στις 17 Ιανουαρίου 1994, όταν η Βουλή συγκατατέθηκε στην άρση των εννόμων συνεπειών της καταδίκης του Νίκου Αθανασόπουλου (είχε καταδικασθεί το 1990 σε φυλάκιση τριών ετών και έξι μηνών για ηθική αυτουργία σε έκδοση ψευδών βεβαιώσεων, χρήση πλαστού εγγράφου και απλή συνέργεια σε νόθευση βιβλίων απόπλου – κατάπλου λιμεναρχείου Καβάλα) για την υπόθεση του γιουγκοσλαβικού καλαμποκιού. Νωρίτερα , η Βουλή με απόφασή της είχε συγκατατεθεί στην απονομή χάριτος και την άρση των έννομων συνεπειών της καταδίκης του Δημήτρη Τσοβόλα.